Nel trattamento della SII un ruolo prioritario è svolto dal rapporto medico-paziente. E’ essenziale che il medico con sicurezza e in termini positivi formuli la propria diagnosi di disturbo funzionale ponendo un’attenta considerazione ai sintomi riferiti e alla sofferenza che comportano. E’ importante ascoltare il paziente per individuare i dubbi, le paure e convinzioni e dedicare del tempo ad una accurata spiegazione del meccanismo che sostiene i sintomi, rassicurando il paziente sulla natura benigna non soggetta ad evoluzione (39), senza nascondere la cronicità e le fluttuazioni della sintomatologia, né attribuire alla SII sintomi che non ne fanno parte e non sono spiegabili. Un buon rapporto medico-paziente può influenzare favorevolmente la risposta alla terapia, ridurre il ricorso alla consultazione medica e agli esami diagnostici.

La mancanza di una causa comune e la eterogeneità dei sintomi devono indurre il medico a focalizzare la propria attenzione su uno o più sintomi (stitichezza, diarrea, dolore addominale, meteorismo), che per frequenza o severità maggiormente disturba il paziente, e indirizzare la terapia su uno o più di essi.